Do aeroporto de Salvador partem pequenos aviões para a Ilha de Boipeba. A viagem demora 30 minutos e de acordo com o movimento têm três horários. Salvador - Boipeba: 8:30, 12:30 e 15:30 e Boipeba - Salvador: 9:15, 13:15 e 16:15. O valor de uma passagem é em média R$ 610,00.
Ferry-Boat / Ônibus ou Táxi / Lancha Rápida
No terminal marítimo São Joaquim, em Salvador, pega um Ferry-boat que atravessa a Baía de Todos os Santos até Bom Despacho na Ilha de Itaparica. A travessia demora uma hora e uma passagem custa em torno de R$ 5,00.
De Bom Despacho segue de ônibus (duas horas e meia de viagem e uma passagem custa cerca 20,00 reais) ou de táxi (uma hora e meia de viagem e custo de cerca 250,00 reais até Valença.
No porto de Valença partem lanchas rápidas para a Ilha de Boipeba. A primeira lancha sai às 10:00 e a última, de acordo com o movimento, entre 16:00 e 18:00. A viagem leva cerca de uma hora e o valor da passagem R$ 44,00.
Carro
Quem viaja de carro, têm duas opções: viaja pela BR 101 ou atravessa a Baía de Todos os Santos com o Ferry-boat até Bom Despacho. O destino sempre é Valença. No porto saem lanchas e barcos para Boipeba.
Uma outra opção é seguir a viagem até Torrinha, um lugar pequeno, que fica mais próximo da Ilha de Boipeba e têm pequenos estacionamentos. Para chegar à Torrinha, pega a estrada BA 001 até a cidade Nilo Peçanha. Após passar a cidade, entra num entroncamento para a cidade de Cairu. Nesta estrada cerca de 12 km depois dobra à direita, numa estrada de cascalho de 7 km, que leva até Torrinha, e de la pegar uma Lancha rápida ate a Ilha de Boipeba.
Catamarã / Jipe
No terminal marítimo em frente ao Mercado Modelo partem embarcações para Morro de São Paulo que levam cerca duas horas. Do Morro pode pegar um jipe até Boipeba, no encontro das Ilhas se faz uma pequena travessia de aproximadamente 3 minutos. Recomendamos organizar isso com antecedência.